Tại SEA Games 2009, cầu thủ trưởng thành từ lò đào tạo SLNA đã chơi rất hay ở khu vực trung tâm. Chính HLV Calisto lúc bấy giờ là thuyền trưởng của U23 Việt Nam đã nhận xét: “Công Minh là cầu thủ tương lai của BĐVN”.

Tuy nhiên, vận đen đã đến với tiền vệ có biệt danh Minh “ngẩn”, khi trong trận đấu với Thái Lan ở vòng bảng một chấn thương đã ập đến với Công Minh. Kết quả, tiền vệ này đã bị đứt một dây chằng chéo sau ở gối trái. Tháng 5/2010, Công Minh chính thức bước vào ca mổ tại Bệnh viện Vũ Anh (TP.HCM).

Miệt mài tập luyện, năm 2012, Nguyễn Công Minh đã trở lại sân cỏ và ký hợp đồng 3 năm với CLB Hà Nội của bầu Kiên. Tuy nhiên, khi đội bóng này giải thể, Công Minh đã trở thành cầu thủ thất nghiệp.

Giữa mùa 2013, Công Minh được ký hợp đồng với ĐT.LA, tuy nhiên anh không được thi đấu nhiều. Đến đầu mùa 2014, tiền vệ này chuyển đến chơi cho QNK.QN, nhưng thêm một lần, anh lại không được trọng dụng. Cuối cùng, Công Minh đã xin rời xứ Quảng để đầu quân cho Hải Phòng với thời hạn nửa mùa bóng.